# Větev na větvi

> Český terénní zápisník o biologii těla: trpělivé výklady metabolismu, nervů, fyziologie, léků, genů, imunity, vývoje a hormonů s interaktivními simulacemi a ověřenými zdroji.

English summary: A Czech-language field guide to the biology of the human body: patient, source-checked explanations of metabolism, neurons, physiology, drugs, genes, immunity, development and hormones, each chapter with interactive simulations.

Texty jsou česky a oslovují čtenáře tykáním. Kapitoly stavějí na několika hlavních myšlenkách, přirovnáních ze života, interaktivních simulacích, odpovědích na časté otázky a zdrojích s odkazy na učebnice a články (Alberts, Boron a Boulpaep, Lehninger, Rosenbaum a další). Parametry simulací jsou u každé kapitoly popsané jako ilustrační tam, kde nejsou převzaté ze zdrojů.

## Wetware – kapitoly

- [Jsi sloveso](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-ch1-jsi-sloveso.html) (Biochemie): Proč jsi spíš děj než věc: metabolismus jako pomalý řízený oheň, ATP, energie po schodech a zpětné vazby bez ředitele. Se třemi simulacemi. English: Introduction to metabolism: why you are a process rather than a thing; ATP, stepwise release of energy and feedback inhibition without a central controller.
- [První rameno schodiště](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-biochemie-ch2-prvni-rameno-schodiste.html) (Biochemie): Glykolýza krok za krokem podle Lehningera: vklad dvou ATP a výplata čtyř, kolotoč NAD⁺ a kvašení, přítoky z jiných cukrů a tři ventily řízení. Se čtyřmi simulacemi. English: Glycolysis step by step, following Lehninger: the two-ATP investment and four-ATP payoff, phosphoryl transfer potential, free energy in red blood cells, feeder pathways, fermentation and NAD+ recycling, and regulation of hexokinase, PFK-1 and pyruvate kinase.
- [Jak se sůl naučila říkat já](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-neurobiologie-ch1-jak-se-sul-naucila-rikat-ja.html) (Neurobiologie): Jak z iontů soli vznikne myšlenka: klidový potenciál a sodno-draselná pumpa, práh a akční potenciál, synapse a 86 miliard neuronů. S pěti simulacemi. English: Introduction to neurobiology: resting potential and the sodium-potassium pump, threshold and the action potential, myelin, synapses and 86 billion neurons.
- [Dole v mezeře](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-neurobiologie-ch2-dole-v-mezere.html) (Neurobiologie): Chemická synapse podle Nichollse: kanál rozhoduje o vzruchu, vápník spouští uvolnění, přenašeč chodí po kvantech a synapse si pamatuje, co přes ni prošlo. Se čtyřmi simulacemi. English: The chemical synapse, following From Neuron to Brain: the end plate, reversal potential and excitation versus inhibition, calcium-triggered release, quantal release and Poisson statistics, SNARE proteins, short-term plasticity, and LTP and LTD with the NMDA receptor as a coincidence detector.
- [Moře pod kůží](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-fyziologie-ch1-more-pod-kuzi.html) (Fyziologie): Jak tělo drží vnitřní prostředí stálé: negativní zpětná vazba, spády a pumpy, proudění, poskládané povrchy a obnova buněk. S pěti simulacemi. English: Introduction to physiology: homeostasis as a steady state rather than equilibrium, negative feedback, diffusion and pumps, flow, folded surfaces and cell turnover.
- [Lék je vlna](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-farmakologie-ch1-lek-je-vlna.html) (Farmakologie): Proč se lék bere dvakrát denně: koncentrace v čase, poločas a ustálený stav, receptory, potence a účinnost, terapeutické okno. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to pharmacokinetics and pharmacodynamics: the concentration-time curve, half-life and steady state, receptors, potency and efficacy, and the therapeutic window.
- [Podání ruky zblízka](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-farmakologie-ch2-podani-ruky-zblizka.html) (Farmakologie): Receptory podle Rosenbauma: vazba molekulu po molekule, afinita a účinnost, rezervní receptory, křivka účinku, soupeři na receptoru a tolerance. Se čtyřmi simulacemi. English: Drug receptors, following Rosenbaum: mass-action binding and residence time, affinity and efficacy, partial agonists and spare receptors, the Emax model and why effects outlast drugs, competitive and noncompetitive antagonism, and tolerance, desensitization and rebound.
- [Čtení bez čtenáře](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-molekularni-biologie-ch1-cteni-bez-ctenare.html) (Molekulární biologie): Jak se z DNA stane tělo, když v buňce nikdo nečte: opis s korekturou, mRNA a bílkoviny, genetický kód a mutace, přepínače genů. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to molecular biology: DNA replication with proofreading, mRNA and protein turnover, the genetic code and mutations, and gene switches (the eve stripe in fruit flies).
- [Darwin v mízní uzlině](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-imunologie-ch1-darwin-v-mizni-uzline.html) (Imunologie): Jak tělo pozná vetřelce, kterého nikdy nevidělo: receptory pro vzory, V(D)J rekombinace, výběr v brzlíku, zárodečná centra a paměť. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to immunology: pattern recognition, V(D)J recombination, thymic selection, clonal selection and affinity maturation in germinal centres, and immune memory.
- [Tělo, které se postavilo samo](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-vyvojova-biologie-ch1-telo-ktere-se-postavilo-samo.html) (Vývojová biologie): Jak z jediné buňky vyroste tělo bez plánku: morfogeny a prahy, boční inhibice Notch–Delta, segmentační hodiny a řízená buněčná smrt. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to developmental biology: morphogen gradients and thresholds, Delta-Notch lateral inhibition, the segmentation clock and wavefront, and programmed cell death.
- [Dopis pro všechny](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-endokrinologie-ch1-dopis-pro-vsechny.html) (Endokrinologie): Hormony jako zprávy pro celé tělo: receptory a afinita, zpětná vazba štítné žlázy, poločasy, denní rytmus kortizolu a pulzy GnRH. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to endocrinology: hormone concentrations and receptor affinity, the thyroid feedback loop, slow and fast hormones and half-lives, the cortisol rhythm and pulsatile GnRH.

## Blog

- [Spád, práh, smyčka](https://vetevnavetvi.cz/pages/blog-spad-prah-smycka.html): Co mají společného metabolismus, nervy, léky, geny, imunita, vývoj i hormony: spád, práh a smyčka. A nikde nikdo, kdo by to řídil. English: Essay: what all eight first chapters share. Gradients kept away from equilibrium, thresholds that turn them into decisions, feedback loops, and no central controller.

## Hry

- [Pulzy](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-pulzy.html) (na motivy kapitoly Dopis pro všechny): Jsi hypotalamus a hypofýza tě poslechne, jen když posíláš GnRH v pulzech. Proč nepřetržitý přísun GnRH tvorbu LH naopak zastaví. English: Rhythm game: as the hypothalamus, release GnRH pulses that keep the pituitary's LH output in a healthy range, then silence it like a physician with a continuous infusion (receptor desensitization).
- [Brzlík](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-brzlik.html) (na motivy kapitoly Darwin v mízní uzlině): Jsi brzlík a rozhoduješ o osudu mladých T-lymfocytů: kdo nepozná vlastní MHC, kdo je nebezpečný a kdo bude regulační. A co se stane, když přestane fungovat AIRE. English: Sorting game: as the thymus, decide the fate of young T cells from self-MHC recognition and self-peptide binding (death by neglect, negative selection, regulatory T cells), then watch what slips through when AIRE fails.
- [Vana bez zátky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-vana-bez-zatky.html) (na motivy kapitoly Lék je vlna): Naplánuj tablety na tři dny tak, aby hladina léku zůstala mezi účinnou a toxickou. Rychlé odbourávání, slabé ledviny, grapefruit a nasycovací dávka. English: Dosing game: schedule three days of tablets to keep the drug level between the minimum effective and maximum tolerated concentration for patients with different half-lives, a grapefruit interaction and a narrow therapeutic window that needs a loading dose.
- [Spiknutí](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-spiknuti.html) (na motivy kapitoly Jak se sůl naučila říkat já): Zapoj pár neuronů s excitačními a inhibičními synapsemi a prahy tak, aby spolu rozhodovaly: kterýkoli, oba naráz, většina, buď, anebo. English: Logic puzzle: wire threshold neurons with excitatory and inhibitory synapses so the circuit computes OR, AND, A-and-not-B, NOR with a tonically active neuron, majority, and XOR, which needs a hidden neuron.
- [Proužek](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-prouzek.html) (na motivy kapitoly Čtení bez čtenáře): Poskládej přepínač genu eve z vazebných míst pro Bicoid, Hunchback, Giant a Krüppel tak, aby se gen zapnul jen v druhém proužku zárodku octomilky. Pak předpovídej pokusy. English: Puzzle: build the even-skipped stripe 2 enhancer from Bicoid, Hunchback, Giant and Krüppel binding sites so the gene is on in a single stripe of the fly embryo, tune binding-site numbers to narrow it, then predict binding-site experiments.
- [Horečka](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-horecka.html) (na motivy kapitoly Moře pod kůží): Jsi smyčka, která hlídá tělesnou teplotu: cévy, pot a třes proti mrazu a vedru, zpožděné zprávy, které rozkmitají regulaci, a horečka jako posunutá žádaná hodnota. English: Control game: act as the thermoregulatory feedback loop with skin blood flow, sweating and shivering, see how delayed information makes the loop overshoot and oscillate, and follow the raised set point of a fever and its break.
- [Hodiny a vlna](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-hodiny-a-vlna.html) (na motivy kapitoly Tělo, které se postavilo samo): Tikej segmentačními hodinami ve chvíli, kdy vlna doběhne k přední hranici, a zárodek dostane páry somitů. Od dánia po myš a nakonec bez viditelných hodin. English: Rhythm game on the clock-and-wavefront model: tap the segmentation clock as each wave reaches the determination front to lay down regular pairs of somites, from zebrafish to mouse, then keep the rhythm without the visible clock.
- [Schodiště](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-schodiste.html) (na motivy kapitoly Jsi sloveso): Glukóza by shořela jedním skokem. Rozděl její pád na schody, ze kterých buňka nabere ATP a NADH, a zjisti, co se stane bez kyslíku. English: Puzzle on metabolism as a staircase, not a cliff: split the free-energy drop of glucose into enzyme steps that pay out ATP or load NADH for the respiratory chain, then see how little is left without oxygen.
- [Slovo po slovu](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-slovo-po-slovu.html) (na motivy kapitoly Čtení bez čtenáře): Měň gen po jednom písmenu DNA a čti bílkovinu jako slovo: tiché změny, záměny, předčasný konec a slovní žebřík, ve kterém musí každá bílkovina cestou fungovat. English: Word puzzle on the genetic code: make point mutations codon by codon and read the protein in one-letter amino acid code; silent, missense and nonsense changes, then Maynard Smith's word ladder in which every intermediate protein must work.
- [Pěstírna protilátek](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-pestirna-protilatek.html) (na motivy kapitoly Darwin v mízní uzlině): Vybírej v zárodečném centru, které B-lymfocyty přežijí, a vypěstuj mutacemi a výběrem protilátku, která pasuje. Přísnější výběr, když antigenu ubývá, a paměť proti pozměněnému viru. English: Breeding game on affinity maturation: pick which germinal-centre B cells survive each round while their daughters hypermutate, sharpen selection as antigen runs out, and re-adapt memory cells to a drifted virus.
- [Štětinky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-stetinky.html) (na motivy kapitoly Tělo, které se postavilo samo): Rozmísti budoucí štětinky octomilky na políčko buněk tak, aby mozaika laterální inhibice přes Delta a Notch byla stabilní: co nejhustší, co nejřidší a s dlouhými výběžky. English: Logic puzzle on lateral inhibition: place fly bristle precursors on a hexagonal sheet so the Delta–Notch pattern is stable (no two neighbouring winners, no uninhibited cell), densest, sparsest, and with long-range inhibition.
- [Kohoutky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-kohoutky.html) (na motivy kapitoly Moře pod kůží): Srdce víc neutáhne: rozveď krev mezi mozek, svaly, trávicí trubici, ledviny a kůži jen šířkou malých tepen. Ruměnec, běh a běh v horku. English: Puzzle on blood flow distribution: set arteriole radii of five parallel organ beds behind a heart with limited output, where flow scales with radius to the fourth power; blushing, running, and running in the heat.
- [Zdířka](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-zdirka.html) (na motivy kapitoly Lék je vlna): Léky se přetahují o receptory: drž účinek v pásmu s plným agonistou, stokrát potentnějším lékem, částečným agonistou se stropem a antagonistou, který odezní dřív než lék. English: Pharmacodynamics game: drugs compete for receptors; keep the effect in range with a full agonist, a hundredfold more potent one, a partial agonist with a ceiling, and a short-acting antagonist against an overdose.
- [Plný sklad](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-plny-sklad.html) (na motivy kapitoly Jsi sloveso): Rozhodni, který enzym má plný sklad brzdit: první krok dráhy, větve s vlastními brzdami a dvě silnice, po kterých jezdí rozklad a stavba. Metabolismus, který se řídí sám. English: Game on feedback inhibition: choose which enzyme a full store should brake in a linear pathway, a branched pathway with sequential feedback, and opposing breakdown and synthesis routes controlled by AMP.
- [Přeskoky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-preskoky.html) (na motivy kapitoly Jak se sůl naučila říkat já): Rozmísti Ranvierovy zářezy na myelinizovaný axon tak, aby vzruch doskočil na konec a co nejrychleji. Proč nejdelší skoky nejsou nejrychlejší a co s vedením udělá roztroušená skleróza. English: Puzzle on saltatory conduction: place nodes of Ranvier on a myelinated axon so the impulse reaches the end, discover the flat optimum of internode length, and restore conduction through a demyelinated lesion.
- [Smyčka](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-smycka.html) (na motivy kapitoly Dopis pro všechny): Z výsledků krve zjisti, kde se pokazila smyčka hypofýzy a štítné žlázy: nedostatek jódu, Gravesova choroba, selhávající hypofýza, nebo tablety navíc. Pak dávkuj T4 a léč. English: Thyroid detective game: read free T4, TSH and gland size to tell iodine deficiency, Graves disease, pituitary failure and excess tablets apart, then titrate levothyroxine and treat.

## O autorce

- [O mně](https://vetevnavetvi.cz/pages/o-mne.html): Pája vystudovala obor Molekulární biologie a biochemie organismů a pracuje jako datová analytička (Brno). Kapitoly píše s pomocí AI (Claude od Anthropicu); fakta a čísla se ověřují proti citovaným učebnicím.

## Rozcestníky

- [Rozcestník](https://vetevnavetvi.cz/): hlavní strana webu
- [Wetware](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware.html): přehled všech větví a kapitol
- [Blog](https://vetevnavetvi.cz/pages/blog.html): kratší texty mezi kapitolami
- [Hry](https://vetevnavetvi.cz/pages/hry.html): minihry na motivy kapitol
- [Zpětná vazba](https://vetevnavetvi.cz/pages/zpetna-vazba.html): formulář pro opravy a nápady a seznam oprav

## Optional

- [Plné texty](https://vetevnavetvi.cz/llms-full.txt): všechny kapitoly, články a popisy her jako prostý text v Markdownu
- [Novinky](https://vetevnavetvi.cz/feed.xml): kanál Atom s kapitolami, hrami a články a daty jejich vydání a úprav